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고추 탄저병은 국내에서 아주 피해가 심한 병 중의 하나로 본 연구팀은 십수 년 동안 탄저병 저항성에 대해 유전분석을 수행하는 동시에 저항성 품종 육성에 노력을 기울여 왔다. 이전에 사용하였던 탄저병 저항성 소재는 Capsicum baccatum 종의 PBC81 accession이었는데, 이와 가장 교잡화합성이 높았던 C. annuum 종의 SP21 계통을 모친으로 사용하여 종간 교잡을 수행하였고, 이에 대한 BC1F1과 BC1F2 분리집단에서 QTL mapping을 수행하여 두 가지의 탄저병(Colletotrichum acutatum과 C. capsici)에 대한 각각의 저항성 주동 QTL을 탐색함과 동시에 연관된 분자표지를 개발하였다. 본 연구에서는 탄저병 저항성 소재로 PBC81이 아닌 PI594137과 AR을 사용하여 NGS re-sequencing을 수행한 후 대량의 SNP를 탐색하고자 하였다. PI594137은 C. baccatum 종에 속하며, PBC81보다 좀 더 broad spectrum resistance를 보인다. AR은 AVRDC에서 분양 받은 재료인데, C. chinense Jacq. PBC932의 열성 저항성을 C. annuum에 도입한 계통이다. 탄저병 저항성 QTL mapping은 Golden aji(C. baccatum, 탄저병 이병성)와 PI594137의 F2 분리집단과 SP211(C. annuum, 탄저병 이병성)과 AR의 F2 분리집단에서 수행할 계획이어서 각각의 양친 사이(Golden aji vs. PI594137과 SP211 vs. AR)에서 SNP를 탐색하였다. NGS re-sequencing을 통해 읽혀진 염기서열 총 길이는 PI594137이 40.5Gbp, Golden aji가 12.1Gbp, AR이 12.8Gbp, SP211이 11.5Gbp였다. 이 염기서열을 사용하여 생물정보학적 분석((주)씨더스에 의뢰)을 수행하였는데, PI594137과 Golden aji 사이에서 333,816개, AR과 SP211 사이에서 1,218,595개의 SNP를 최종적으로 탐색할 수 있었다. 탐색된 SNP는 탄저병 저항성 QTL mapping 분석에 유용하게 사용될 수 있을 것이다.
