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현재까지 육성된 고품질의 찰옥수수는 재래종을 기반으로 육성되어 유전적인 배경이 협소하여 새로운 유전자원의 발굴과 개발로 지속적으로 고품질 육종이 가능하다. 차진맛과 단맛이 높은 찰옥수수 육종의 가능성을 확인하기 위하여 찰옥수수 자식계통 02S6140과 단옥수수 자식계통 KSS22를 교잡한 후대에서 찰성과 단맛을 조사하였다. 단옥수수(당질)와 찰옥수수(찰질)의 교잡 F1은 모두 일반질이지만 F1:2 종자에서 표현형은 일반질(N) 9, 당질(susu) 4, 찰질(wxwx) 3 으로 나타났는데 당질의 1/4은 double mutant(susuwxwx)로 당질이 찰질보다 표현형에서 상위를 보여 당질로 표현되었다. F2에서 입질이 Susuwxwx(Ssww)의 유전자형을 가지는 찰옥수수는 자식에 의하여 찰옥수수(S－ww)와 단옥수수(ssww)로 분리되는데 여기의 단옥수수는 어떤 유전자형의 단옥수수(ss―－)와 비교하여도 아밀로스 함량이 3.4%이하로 현저히 낮은 이중열성형(double mutant, ssww)을 보인다. 즉 아밀로스함량 조사로 이중열성 단옥수수를 구별할 수 있다. 동일한 당질이지만 유래별로 아밀로스 함량이 차이가 유의한 것은 waxy 유전자에 의한 dosage 효과로 생각된다. 그리고 F3 종자가 찰질이 되는 경우는 일반질 SSWw와 SsWw 유전자형, 찰질 SSww 유전자형, 그리고 이중열성 당질과 함께 분리되는 Ssww 유전자형에서 분리되는 경우로 이들 유전자형별로 비교해 보면 아밀로스함량과 과피두께에서 유의한 차이가 있었다. 아밀로스함량은 이중열성이 함께 분리되는 Ssww 유전자형의 평균값이 가장 낮아 5.4%를, F2 종자에서 이미 찰질로 구분된 SSww 유전자형이 다음으로 높은 5.9%를, 일반질에서 분리된 SSWw, SsWw 유전자형에서 가장 높은 7.1∼7.3%의 아밀로스함량을 보였다. 이것은 더욱 찰기가 높은 찰옥수수 육종을 위해서는 단옥수수와 교잡 후 F2 종자가 찰옥수수이고 자식으로 F3 종자에서 이중열성 단옥수수와 찰옥수수가 함께 분리되고 여기서 찰옥수수를 선발하면 찰기 높은 찰옥수수 육종이 가능할 것으로 판단된다.
