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고추 매운맛은 캡사이시노이드(capsaicinoids) 물질에 의해 나타나며, 그 중 캡사이신(capsaicin)과 다이하이드로캡사이신(dihydrocapsaicin)이 양적인 측면에서 주를 이루고 있다. Capsicum annuum 종의 피망이나 파프리카는 캡사이시노이드를 합성하는 Pun1(acyltransferase)유전자의 기능이 소실된 pun1(나중에 pun11로 명명) 대립유전자를 가지고 있어 매운맛이 없다. 최근 C. chinense와 C. frutescens 종에서도 매운맛이 없는 고추를 대립성 검정 분석을 하여 Pun1 유전자의 기능이 소실된 또 다른 대립유전자인 pun12와 pun13을 각각 찾아내었다. 또한 C. annuum ‘CH-19 Sweet’에서는 pAMT(putative aminotransferase) 유전자의 기능이 소실되어 매운맛이 나타나지 않는다고 보고하였다. 본 연구에서는 정상적인 Pun1 유전자가 없음에도 불구하고 매운맛이 나타나는 재료를 확보하였고, 이에 대한 유전분석을 수행하였다. 모친으로 사용된 135T는 Pun1/Pun1으로 매운맛이 있는 계통이고, 부친으로 사용된 147BG는 pun1/pun1으로 매운맛이 없는 계통이다. 하지만 147BG계통은 다른 매운맛 계통에 교배하면 F1에서 매운맛 함량이 보다 높아지는 경향을 보이는 계통이다. 135Tx147BG 조합의 F2 집단 85개체에 대해 매운맛(pun1) 마커를 분석하고, capsaicinoids 함량을 HPLC로 측정하였다. 그 결과, 27개체가 매운맛 마커로 pun1/pun1으로 genotyping되었는데, 기존 이론에 의하면 이 개체들은 모두 매운맛이 없어야 하나, HPLC 분석에서 capsaicinoids 함량이 있는 개체들이 있었다. Dihydrocapsaicin은 27개체 모두 검출되지 않았으나, capsaicin은 27개체 중 19개체(함량범위: 2~95mg/100g)에서 검출되었다. 이 결과는 Pun1 유전자가 없어도 capsaicin만을 합성할 수 있는 유전자(Pun3로 명명)가 존재함을 의미한다. 따라서 Pun3 유전자에 연관된 분자표지를 개발하기 위해 집단 크기를 늘려 올해 추가적인 실험을 수행 중이다.
