무 (Raphanus sativus)는 한국, 중국, 일본 중심으로 큰 시장이 형성되어 있으며, 이들 국가들에서 집중적으로 활발한 무 품종 육성이 이루어지고 있다. 그러나 다른 채소작물에 비해서 유전자원 특성 평가 등 핵심집단구축을 위한 노력은 불충분하며, 게다가 국내 수집 무 유전자원은 많이 보유하고 있으나 보다 체계적인 분류 및 특성 평가가 미흡하여 유전체 연구 및 상업용 품종 육성에 직접 사용하기에 어려운 점이 크다. 따라서 국내에 확보된 무 유전자원을 효과적으로 활용하여 품종 육성을 하기 위해서, 분자표지법을 이용하여, 무 유전자원과 현재 무 육성에 이용하고 있는 계통들과의 비교특성 연구가 필수적이다. 그러나 무에서는 직접적으로 이용할 수 있는 분자표지마커는 제한적이므로 현재 무 특성 파악을 위하여 RAPD, AFLP, SRAP 등과 같이 random primer들을 이용하는 것이 적절하다고 판단된다. 이들 방법에서 나타난 특이표지는 STS표지로 전환하여 핵심집단의 선발, 병저항성 평가, 원예적 특성을 파악하는데 유용할 것이다. 따라서 본 연구는 현재 시판 F1 품종육성에 이용하고 있는 40종의 무 육성계통을 이용하여 RAPD에 의한 계통간의 유연관계를 파악하여 핵심집단을 구축함과 동시에 비교유전체 연구의 기초 자료를 제공하고자 수행하였다. RAPD 분석 결과 40개의 육성 계통은 61.3% 유전적 상관성을 나타내어 유전적으로 다소 가까운 것으로 판명되었다. 이들 중 16번 계통과 31번 무 계통은 89.6%로 가장 가까운 유전적 상관성을 보였다. 40종의 육성계통은 68.8%의 유사도에 의해 6개 그룹들로 분류되었으며, 그룹Ⅱ에 속하는 무 계통은 뿌리길이가 30cm 이상인 계통들이 대부분 차지하고 있어 뿌리 길이와 연관된 분자표지 개발에 이용성이 클 것으로 예상된다. 또한 8번 무 계통은 다른 계통들과 유사성이 가장 낮게 나타나므로 이를 이용한다면 유전자 지도 작성에 활용도가 클 것으로 예상한다.