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콩에서 180k Axiom◯R Soybean SNP Genotyping Array를 이용한 고밀도 유전자 지도 작성

  • 언어KOR
  • URLhttps://db.koreascholar.com/Article/Detail/298299
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한국육종학회 (The Korean Breeding Society)
초록

콩에서 유전자지도 작성은 마커간의 상대적인 위치를 설정하여 금후 genome 상에 목표 유전자 위치를 확보하고 이를 표지화하는데 매우 요긴한 수단으로 활용된다. 최근 많은 연구자들이 콩에서 고밀도의 유전자지도 작성을 위해 노력하였고, 현재 soybean consensus map이 soybase(www.soybase.org) 에 공유되고 있다. 본 연구에서는 고밀 도의 콩 유전자 지도 작성을 위해 genotyping은 한국과 중국의 콩 genome resequencing결과 얻어진 약 4백만 개의 SNP중에서 선정된 약 180만개의 SNP로 만들어진 180k Axiom SoyaSNP array를 이용하였고, 실험집단은 큰올콩/신 팔달콩 및 큰올콩/익산10호의 교배후대로 작성된 F12 RIL집단을 활용하였다. 유전자지도 작성결과 큰올콩/신팔달 콩 집단에서 사용된 166,279개의 SNP 중 27,308개의 SNP가 다형성을 보였고 이중 6,535개의 SNP가 유전자지도상 에 표기되어 지도의 총 거리는(total coverage)는 약 3,313cM을 나타내었다. 한편 큰올콩/익산10호 집단에서는 사용 된 166,279개의 SNP 중 23,581개의 SNP가 다형성을 보였고 이중 6,597개의 SNP가 유전자지도상에 표기되어 지도 의 총 거리는(total coverage)는 약 5,017cM을 나타내었다. 본 연구를 통해 작성된 유전자지도에서 마커간 평균거리 는 큰올콩/신팔달콩 0.51cM, 큰올콩/익산10호 0.76cM으로 나타나 매우 고밀도의 유전자 지도가 작성되었음을 나 타내었다.