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토마토(Solamum lycopersicum L.)는 전 세계적으로 생산량이 연간 146백만 톤이며 재배면적은 4,339천ha에 달하는 채소작물로 경제적 가치가 매우 높다. 최근 국내 및 미국, 남미, 유럽, 동남아시아, 일본, 중국 등지로 토마토황화잎 마름바이러스 (Tomato yellow leaf curl virus; TYLCV)가 급격히 확산되고 있어 토마토 생산량과 농가소득 감소 등 의 심각한 피해를 입히고 있다. 토마토의 TYLCV 저항성 유전자는 야생종에서 Ty-1, Ty-2, Ty-3, Ty-4, Ty-5 등이 보고 되고 있으며 이들 유전자원을 활용한 계통 및 품종 육성이 활발하게 이루어지고 있다. 자사에서도 TYLCV의 피해 를 최소화할 수 있는 저항성 품종 육성을 주요 목표로 하여 품종 육성을 활발하게 진행하고 있다. 최근에는 내병계 품종 육성에 분자마커를 활용함으로써 신품종 개발기간을 단축시키고자 하는 노력이 많이 이루어지고 있다. Ty-1, Ty-2, Ty-3에 대한 CAPS 또는 SCAR 마커 개발이 보고되고 있으나(Hoogstraten et al., 2005; Garcia et al., 2007; Ji et al., 2007), gel-based 마커로 검정에 많은 시간과 노력이 필요하다. 본 연구에서 TYLCV 내병계 육성을 위해 보다 신 속하고 효율적인 분자마커 검정을 실시하고자 Ty-1과 Ty-3의 SNP마커를 개발하였다. 기 개발 마커를 활용하여 내 병계 계통 및 도입품종 20개의 Ty-1과 Ty-3의 염기서열을 분석하여 20개의 프라이머 셋트를 제작하였다. Ty-1 SNP2와 Ty-3 hrm3 마커를 선발하고 계통 및 품종으로 HRM (high resolution melting)분석을 통해 실효성을 판단하였 다. 또한 자사의 시판 이병계와 내병계 종자를 대상으로 검정을 실시하여 Ty-1 SNP2와 Ty-3 hrm3 마커의 실효성을 확인하였다. 개발된 마커를 활용하여 2014년 봄작기 파종 F2 분리세대 50 계통과 도입품종 21 품종에 대한 검정을 실시하여 품종육성을 위한 자료로 활용하였다.
