11개 nSSR 표지를 이용하여 안면도지역 곰솔 채종원 ’81단지와 내륙과 해안집단의 화분유동과 교배양식 유전모수를 추정하였다. 이형접합도 관측치(Ho)와 Shannon의 유전다양성지수(I)는 안면도 곰솔 채종원(클론: He = 0.680, I = 1.608; 종자: He = 0.636~0.646, I = 1.472~1.508)과 내륙집단(성목: He = 0.690, I = 1.691; 종자: He = 0.658~0.685, I = 1.573~1.636), 해안집단(성목: He = 0.683, I = 1.641; 종자: He = 0.665~0.685, I = 1.595~1.669) 간에 유의한 차이는 없으며, 각 집단의 생산년도간에 뿐 만 아니라 세대간에 유의한 차이가 없었다(P > 0.05). MLTR로 분석으로 추정한 교배양식 유전모수를 추정한 결과 다수 유전자좌 타가교배율(채종원: 0.887∼0.919, 내륙: 0.948∼0.972, 해안: 0.850 ∼0.932)과 양친 근친교배(채종원: 0.003∼0.006, 내륙: 0.038∼0.066, 해안: 0.034∼0.099)는 집단간에 유의한 차이가 없는 반면, 2009년 생산된 종자에서 추정된 부계상관(채종원: 0.022, 내륙집단: 0.010, 해안집단: 0.047)은 집단간에 유의한 차이가 있다(P < 0.05). 안면도 지역 곰솔 집단 전반은 화분수의 유전다양성이 높고 교배의 대부분이 다수의 화분수가 기여하는 타가수정으로 이루어지기 때문에 각 집단의 공간구조와 유전구조의 차이에도 불구하고 세대간 유전변이의 감소가 없으며, 집단간에 유전다양성의 유의한 차이가 없는 것으로 생각된다. 반면 임분의 밀도와 규모 등에 따라 생산년도간에 유전모수의 변이를 달리하며, 그중 곰솔 해안집단은 연간 변이에 큰 차이를 보이고 있어 다른 집단에 비해 교배환경의 변화에 반응이 크게 나타나는 것으로 생각된다.