본 연구는 종실수량과 SSR 마커 사이의 상관분석을 위하여 종실용 옥수수 9개의 자식계통을 이용하여 반이면 교잡(Half-Diallel Cross)을 통해 얻어진 36개의 F1 교잡종들에 대하여 수량과 농업형질 그리고 유전적 거리와의 상관을 분석하였다. 그 결과, 농업형질에 의한 유연관계 분석에서 가장 가까운 계통은 Wf9와 ND203으로 0.809를 보였고, BSSS (Iowa Stiff Stalk Synthetic) 그룹인 B73과 B14A가 0.810으로 가까운 것으로 나타났다. 그러나 같은 LSC(Lancaster Sure Crop) 그룹인 Va85와 C103은 가장 거리가 먼 것으로 나타나서 농업형질로 유전적 거리를 측정하는 것은 한계가 있는 것으로 보였다. 따라서 본 연구에서는 92개의 SSR primer들을 가지고 step-by-step 방식으로 옥수수 종실수량에 영향을 미치는 분자마커를 선발하고자 하였다. 선발된 9개의 SSR primer들을 이용하여 옥수수 종실중과의 상관분석을 수행한 결과, 고도의 정의 상관(R2=0.703**)을 보였다. 선발된 SSR 마커를 이용한 유전적 거리와 교잡종의 주요 농업 형질의 상관분석에서 종실중, 이삭장, 이삭경 등 수량관련 형질뿐만 아니라 간장, 착수고도 유의성을 보였다.