참깨는 참기름이나 깨소금 등 조미원료로 재배되는 전통적인 작물로 국내 참깨 생산액은 ‘08년 통계자료에 의하면 2천1백억 원 이상으로 유지작물 총 생산액의 67% 정도를 차지하고 있는 주요 유지작물이다. 그러나 국산참깨와 수입참깨에 대한 정확한 차별기준이 없어, 국산 참깨를 선호하는 소비자들에게 많은 혼란을 야기 하고 있는 실정이다. 본 연구는 이러한 국산참깨에 대한 차별화를 위하여 유전자 부위에서 DNA 염기서열 차이를 이용한 DNA 분자마커를 개발하고자 수행하였다. 양백깨를 포함한 육성품종, 주요 유전자원 및 수입 참깨 등 48종을 시험재료로 품종간의 유의성 확인 및 차별화 분자마커를 확인하였다. 실험에 사용된 분자마커 는 국립식량과학원 전작과로부터 분양받은 246점의 STS(sequence tagged site) 분자마커를 이용하여 다형성을 확인하였다. 분자마커의 다형성 확인은 공시재료의 DNA를 추출하여 agarose 및 acrylamide gel을 이용하였다. 전체 246점의 분자마커 중 60점에 대한 분자마커 검정결과, 3점의 분자마커가 뚜렷한 다형성을 나타냈으며, 6점의 분자마커에서 minor band 다형성을 확인할 수 있었다.