하천 수생태계 보전을 위하여 점오염원(Point Source)의 관리가 장기적으로 추진되었음에도 불구하고, 강우 시 유출되는 비점오염원(Non-point Source) 관리에 대한 인식부족으로 4대강의 수질 개선이 이루 어지지 않고 있는 실정이다. 환경부는 2007년 이후 법률 개정을 시작으로 비점오염원 관리를 지속적으로 추진하고 있으며, 향후 관리지역 확대, 규제 오염물질 다양화 등 비점오염 관련 법률을 더욱 강화할 것으로 예상된다. 특히 비점오염원 중 도로는 포장률이 높아 강우 유출률이 높을 뿐만 아니라 오염물질의 종류가 다양하여 하천오염의 주요 원인으로 지목되고 있어 도로 비점오염원의 체계적인 관리방안의 수립이 시급한 실정이다.
현재 고속도로 비점오염원 관리를 위하여 신규노선 및 상수도보호구역 도로를 중심으로 비점오염저감 시설을 설치·운영 중에 있는데, 2013년 기준으로 고속도로에만 268개의 비점오염저감시설을 설치 가동하고 있으며, 2013년 이후 1,085개 정도를 추가 설치할 계획이다. 또한 신규노선 및 기존 수질보호 구간을 고려할 때 많은 수의 비점시설이 설치될 것으로 예상된다.
따라서 고속도로 비점오염원의 효율적 관리를 위해서는 첫째, 강우 시 유출되는 오염물질에 대한 지속적인 모니터링이 필요하다. 강우특성, 포장특성, 교통량, 지역조건 등 다양한 원인에 의하여 비점오염물질의 유출 특성이 달라지므로 여러 인자가 고려된 통계학적 분석을 통해 오염물질의 적정 농도를 도출하는 것은 매우 중요하다. 둘째 도로 비점오염물질의 유출 특성에 적합한 저감시설의 선택이 필요하다. 도로 오염물질은 차량 운행과 밀접한 관계가 있으므로 유기오염 물질보다는 유류 및 중금속류에 대한 오염이 우려되므로 충분한 선행 검토가 필요하다. 도로는 유역면적이 좁아 초기 유출시간이 빠르고 초기오염 유출 농도가 높은 특징을 가지고 있으므로 이를 고려한 시설을 선정해야 한다. 셋째 유지관리의 용이성을 고려 한 비점저감시설의 선정이 필요하다. 다양한 비점오염저감기술이 존재하나 도로의 경우 선형사업이여서 주변 보유부지 확보가 곤란한 경우가 있고, 유지관리를 하기에 매우 불리한 조건이다. 따라서 유지관리가 용이하고 비용절감 효과가 우수한 시설을 선정하여 설치하는 것이 매우 중요하다. 향후에는 도로 비점오염원 관리 방향을 사후처리 관점에서 사전예방 관점으로 변경하여야 할 것이다. 예방적 비점관리 방법으로는 저영향개발(LID, Low Impact Development), 도로청소, 차량 및 포장 개선 등이 있는데, 이러한 관리 기술에 대해서는 지속적인 연구 및 적용성 평가 등이 요구된다.