부산항은 우리나라의 대표적인 사회간접자본시설로서 국가경제발전의 견인차 역할을 수행해 왔다. 그러므로 항만관련시설들의 상호 보완적인 시스템화를 통하여 부산항을 세계 제일의 물류기지로 발전시켜 향후 동북아 물류중심항으로의 기능을 원만히 수행할 수 있도록 정부가 부산항 항만배후도로의 시설주체가 되어야 한다. 이에 본 논문에서는 부산항의 발전을 저해하는 컨테이너세의 문제점과 폐지에 관한 현실적인 접근을 통해 컨테이너세와 그 용도에 관한 분석 및 현황파악을 바탕으로 컨테이너세의 타당성 여부를 검토하여 다름과 같이 정리하였다. 첫째, 항만에서 역외 고속도로까지를 연결하는 항만배후도로는 항만의 일부분이므로 정부가 시설투자의 주체가 되어야 한다. 둘째, 컨데이너세를 징수함으로써 화주와 선사는 수출입 물류비와 함께 컨테이너세를 추가적으로 지불하여 상당한 비용적 부담을 안고 있다. 셋째, 공컨테이너 또는 환적컨테이너의 수출입 비중은 상당히 높아, 부산시 교통체증을 유발하는 요인으로 작용하고 있으나, 부과대상에서 제외되고 있어 컨테이너세 부과대상의 형평성에 크게 어긋나고 있다. 넷째, 동북아 물류허브항만이 되기 위하여 중국, 대만, 일본의 경쟁항만들은 항만비용의 절감을 통해 경쟁력을 향상시키고 있는 반면, 부산항은 컨테이너세라는 추가적인 세금을 부과함으로써 가격 경쟁력의 약화를 가져와 동북아 물류허브항만으로 육성하기 위한 전략에 큰 차질을 빚고 있다.