Ochratoxin A와 aflatoxin은 곰팡이 독소 생산 균주가 자연 발효되는 식품에 오염되거나 발표식품의 종균을 분별없이 선택했을 때 검출 될 수 있다. 본 연구에서는 다양한 배양 환경이 ochratoxin A와 aflatoxin의 생산에 주는 영향에 대해 연구하였다. Aspergillus usamii KFRI 999와 A. awamori KFRI 983의 배양 온도, 배양 배지, 배양 시간을 달리하여 ochratoxin A생산 정도를 분석하였다. 또한 초기 pH, 온도, 배양 시간, 배양 배지를 다르게 하였을 때 A. flavus KACC 41403와 A. oryzae KACC 46471가 생산하는 aflatoxin의 양을 평가하였다. Ochratoxin A와 aflatoxin의 양은 HPLC로 분석하였다. 연구 결과, 곰팡이 독소는 배양 온도에 큰 영향을 받는 것으로 나타났다. A. oryzae KACC 46471는 aflatoxin을 생산하지 않았다. 곰팡이 독소를 생산하는 균주는 모두 30℃에서 가장 높은 독소 생산량을 보였다. A. awamori KFRI 983은 PDA 배지에서 가장 적은 ochratoxin A 생산량을 보였다. 본 연구 결과는 다양한 식품의 ochratoxin A와 aflatoxin 저감화에 유용하게 활용 될 수 있다.