본 연구는 동진강 수계 중 동진강 본류의 상∙중∙하류의 3개 지점을 선정하여 조사를 실시하여 이∙화학적 수질 및 서식지 분석을 통하여 생태 건강도 및 어류 분 포특성을 진단하였다. 생물통합지수 (Index of Biological Integrity, IBI)모델 분석은 국내 하천의 특성에 맞게 수정∙보완하여 8개 다변수 메트릭 모델을 이용하였고, 물리적 서식지 평가 지수 (Qualitative Habitat Evaluation Index, QHEI)분석은 11개의 다변수 메트릭 모델을 적용하였다. 이∙화학적 수질 분석은 동진강 수계의 환경부 수질 측정망 자료 중 2005년부터 2008년까지 4년간의 자료를 이용하여 분석하였다. 내성종이면서 잡식성 어종인 피라미가 우점종으로 나타났으며, 동진강의 생물통합 지수는 평균 19 (n=3)로서 “보통상태” (Fair)로 나타났다. 지점별로 지점 1에서 28 “양호상태” (Good)로 가장 높게 나타난 반면에 지점 2와 3은 각각 18과 12로 “보통상태”(Fair), “불량상태” (Poor)로 나타났다. 서식지 평가 지수는 평균 117 (n=3)으로 “보통~양호상태” (Fair~Good)로 나타났으며, 상류에서 하류로 갈수록 악화되는 경향을 보였다. 이∙화학적 수질자료의 분석 결과 지난 4년간 평균 BOD는 2.3 mg L-1 (범위: 0.1~8.9 mg L-1)로서 우리나라 수질기준 (2007년 1월의 환경부 기준고시)에 의거할 때 II (약간 좋음) 등급을 보였다. COD는 평균 5.5 mg L-1 (범위: 1.8~12.6 mg L-1)로 나타났고, 계절 및 지점별로 큰 변이폭을 보였다. TN의 평균값은 2.7 mg L-1 (범위: 0.9~7.5 mg L-1)이고, TP의 평균값은 0.127 mg L-1 (범위: 0.01~0.391 mg L-1)로 TN과 같이 하류로 갈수록 증가하는 경향을 보였다. EC는 평균값 174.9 μs cm-1 (범위: 6.7~ 547 μs cm-1)이고, SS는 17.7 mg L-1 (범위: 0.5~62.7 mg L-1)로 나타났다. 본 연구에서 생물통합지수와 물리적 서식지 평가, 이∙화학적 수질 분석에 따르면, 동진강의 수환경 건강 상태는 악화되어 있는 것으로 나타나 서식지와 농업 배수의 관리가 필요한 것으로 사료되었다.