작물의 유전적 개량에서 가장 중요한 부분은 이용 가능한 유전자원으로부터 새로운 유전자 조합을 창출하는 것이다. 야생벼나 잡초벼와 같은 유전자원은 각 지역의 환경조건에 오랜 기간 동안 적응하며 집단을 유지하였기 때문에 여러 가지 저항성이나 불량한 환경에 대한 내성 등 유용한 특성을 갖고 있다. 이러한 야생벼나 잡초벼를 이용하여 양적형질을 개선할 수 있는 유용 유전자를 탐색하는 연구는 국내에서 거의 없는 실정이다. 그러므로 고수량성, 내재해성 등 우량한 유전자를 보유하고 있는 야생벼 유전자원을 교배모본으로 이용하여 이들의 우량 유전자를 선별적으로 재배벼에 이전시키는 육종방법을 개발하고 동시에 우량 품종을 개발하는 것이 필요하다. 본 연구에서는 재배벼의 유전적 배경에 야생벼의 염색체단편이 이입된 근동질계통을 이용하여 수량성 및 내재해성에 관여하는 QTL의 고밀도 지도를 작성하고 관여유전자를 밝히는 연구를 수행하고 있다. 야생벼과 재배벼 (화영벼/W1944) 교잡 유래 이입계통을 이용하여 종자중 관여 QTL (qTGW5)과 수당립수 관여 QTL (qSPP5)이 연관됨을 밝혔다. 야생벼의 수당립수 유전자 (qSPP5)는 재배벼에선 발견되지 않은 야생벼 특이적인 유전자로 판단된다. 직파재배에서 중요한 중배축 신장성에 관한 유전자 고밀도지도 작성을 위하여, 선행연구에서 탐색된 QTL (qMel-1, qMel-3)을 잡초벼/일품벼 조합계통에서 분석한 결과, qMel-1과 qMel-3은 각각 염색체 1번의 RM8260과 염색체 3번 RM426에서 탐지되었으며, 중배축 신장성 관여 유전자의 분리를 위해 microarray 분석 및 association mapping을 실시하고 있다. 유묘기 내냉성 지표로서 저온 조건에서의 엽록소 함량에 관한 QTL(spad-1, spad-4)이 밀양23/합천앵미3조합에서 탐지되었으며 , 이들 유전자의 근동질계통 (NIL) 육성, 후보유전자의 T-DNA 삽입변이체를 분석 중에 있다. 내건성 QTL의 고밀도 유전자지도 작성을 위해 밀양23/O. glaberrima 조합을 이용, NIL를 육성 중에 있다. 야생벼인 Oryza grandiglumis와 O. rufipogon에서 유래된 종자중 관여 유전자 qGW2와 qGW9를 집적한 계통을 육성하고 그 특성을 평가 중이다.