수환경에서 유해성 미생물을 검출하는 것은 환경미생물위해성 관리에서 가장 중요한 연구 분야 중 하나이다. 유해성 미생물 검출은 인체 병원성 세균과 항생제 내성을 지닌 세균의 검출을 포함한다. 기존의 배양방법은 배양이 잘 되지 않는 유해성 세균의 검출이 불가하므로, 최근에는 환경 유전체를 전체로 염기서열을 분석하는 de nove metagenomic sequencing 방법으로 병원성에 대한 진단을 하려는 방법에 대한 연구가 시작되고 있다. 본 연구에서는 수환경에서 유해 미생물 검출을 위해 Next Generation Sequencing 방법인 Illumina Hi-Seq으로 미생물군집유전체를 shot-gun sequencing해서 병원성과 항생제 내성에 대한 정량적인 정도 도출하는 신규 방법에 대해서 결과와 함께 토의할 것이다.