본 연구는 정부연구개발투자가 민간부문의 고용에 미치는 장기적인 효과를 검증하기 위해 국내 23개 제조업 부문을 대상으로 패널분석을 수행하였다. 1990년대 중반 이후 IT의 급속한 발전과 더불어 국내 제조업 고용구조에 큰 영향을 준 IMF 구제금융에 따른 산업구조 조정기를 중심으로 전체 표본기간을 IMF 이전과 이후로 나누어 정부연구개발투자가 기업의 고용수요에 미친 영향을 실증분석한 결과 다음의 결과를 도출하였다. 첫째, 정부연구개발투자는 단기적으로는 고용을 감소시키는 효과를 나타내지만 시간이 지나면서 신제품 혹은 신산업 창출로 인한 고용의 보상효과가 이를 상쇄하면서 고용창출에 긍정적인 효과를 가진다. 둘째, 민간연구개발투자의 고용창출 효과가 정부연구개발투자의 효과보다 3배 이상 크다. 셋째, 기업의 노동수요에 비용요인인 임금 및 이자율은 높은 유의수준으로 고용에 부정적인 영향을 미치고 있다. 이러한 결과는 향후 정부연구개발투자가 새로운 고용창출을 위한 정책수단으로 활용될 수 있다는 정책적 함의를 제공한다.