본 논문은 최근의 급변하는 국제무역환경, 통관제도의 발전내역, 컨테이너물동량의 변화추이 등을 살펴보고 물류현장에서의 경험과 다양한 의견 수렴을 토대로 부산항에 대하여 부두지역에서의 컨테이너화물 물류를 촉진할 수 있는 효율적인 통관제도를 연구하였다. 항만지역 컨테이너의 흐름을 더욱 원활히 하기 위하여 해상 수입화물의 적하목륵 제출~하선신고~반입신고 구간에서 보세운송신고와 수입통관에 제한을 두고 있는 구간을 개선하는 방안을 제시하였고, 물류보안 강화를 통한 항만경쟁력을 확보하기 위하여 수출화물 선적지세관 선별검사제도와 환적 컨테이너 고체작업 예정신고제 및 컨테이너번호 봉인번호 추적체계 도입 등을 제시하였다.