고추는 전 세계적으로 중요한 경제작물이다. 하지만, 매년 Colletotrichum species에 의해 발생하는 고추탄저병에 의해 상품성이 떨어지고 수량이 현저히 감소하여 많은 농가에 중대한 피해를 주는 주요 병해이기 때문에 방제대책이 절실히 요구되고 있다. 본 연구에서는 국내에 최근 발생한 C. scovillei에 대해 Burkholderia cepacia를 이용하여 길항 능력을 확인하였다. 16S rRNA와 recA 유전자 분석을 통해 분리된 균주가 B. cepacia임을 확인하였고, 식물 생장 촉진 물질인 siderophore와 항진균 가수분해 효소인 protease, cellulase 생산을 기내 실험을 통해 확인하였다. 또한, C. scovillei에 대한 KF1의 균사 생장 억제율은 66.0%로 나타났으며, 1×105, 106, 107, 108 cfu/mL의 길항 미생물 처리 농도에 따른 포자 발아율은 각각 7.8%, 4.3%, 1.2%, 0%로 확인되어 분리된 길항 미생물은 효과적으로 병원균의 균사 생장 및 포자 발아를 억제하였다. 따라서 본 연구는 길항 미생물 B. cepacia KF1의 고추탄저병균에 대한 생물학적 방제제 자원으로서의 활용가능성을 제시하였다.