우리나라 참나리 2배체와 3배체 중 임의 선발된 56 개 지역의 참나리에 대하여 EST-SSR이용하여 각 genome 간의 유전적 변이와 유연관계를 분석하고자 수행되었다. 최근 백합속에서 개발된 19개의 EST-SSR 중에서 7개의 primer가 참나리 2, 3배체 종내 유전적 변이 분석에 적합한 것으로 나타났다. 서해안, 남해안 제주도의 원거리 지역에 분포하는 2배체 참나리들은 지역에 관계없이 다양한 유전적 변이를 나타내었으나, 소청도, 울릉도 및 내륙에 분포하는 3배체 참나리는 비교적 단순한 변이를 나타내었다. 다형성을 나타낸 총 121개의 SSR 밴드를 사용하여 UPGMA 방법으로 계 통도를 작성한 결과 2배체 집단에서는 유전적 변이가 다양한 반면 3배체 집단에서는 비교적 변이가 적은 것 으로 나타났다. 2배체 집단에서 아차도 계통들이 남해 안의 다른 2배체와 뚜렷이 구분되는 cluster를 형성하 였고, 3배체 집단에서는 소청도 참나리가 다른 지역과 는 구별되는 독특한 밴드패턴을 나타내었다. 본 연구에 서 선발된 EST-SSR마커들은 금후 참나리 2, 3배체 집단의 유연관계를 분석하는데 유용하게 사용될 수 있 을 것으로 생각된다.