본 연구는 제주도내 위치하는 상시 유수가 흐르는 6개의 하천을 선정하여 이화학적 요인과 부착 규조류 군집의 분포를, 2008년에서 2012년까지 연 2회 조사하였다. BOD는 0.0~1.6 mg L-1의 범위로 높은 수질 상태를 나타냈으며, TN, NH3-N, NO3-N, TP와 PO4-P는 각각 평균 4.432 mg L-1, 0.069 mg L-1, 3.822 mg L-1, 0.092 mg L-1, 0.071 mg L-1으로 비교적 높은 영양염의 농도를 나타냈다. 조사기간 동안 출현한 부착 규조류는 총 171종으로 2목 4아목 10과 28속 150종 17변종 2품종 2아종으로 구성되어 있었으며, 주요 우점종은 광적응성종인 Achnanthes lanceolata, Melosira varians, 호청수성종인 Gomphonema pumilum, 호오탁성종인 Navicula minima, Nitzschia palea 등으로 나타났다. DAIpo와 TDI를 이용한 생물학적 수질 평가에서는 각각 평균 56.0 (보통, C등급), 70.4 (불량, D등급)으로 제주도내 하천의 수생태건강성은 낮은것으로 나타났다.