한국의 전통 과자인 유과는 거의 모든 공정이 수작업으로 제조되기 때문에 공정 중 작업자 및 작업도구 등에 의한 교차오염으로 인한 안전문제가 제기되고 있다. 본 연구에서는 유과 제조 공정 중 찹쌀의 불림 단계에서 증가된 미생물을 제어하기 위하여 항균 활성이 있는 용액 9가지 용액(40% 자몽종자 추출물, 100% 계피 추출물, 70% 에탄올, 100% 식초, 0.2% 차아염소산나트륨, 40% 초산나트륨, 40% 탄산수소나트륨, 40% 사과산, 40% 구연산)을 이용하여 Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes, Salmonella typhimurium, Bacillus cereus에 대해 항균 효과를 비교 확인하였다. Disk diffusion법을 통해 40% 사과산과 구연산에서 높은 항균 효과를 확인할 수 있었고, 추가로 항균용액의 농도, 처리방법 및 시간을 최적화한 결과 1% 사과산-구연산을 10분 동안 처리 시 세균 5종을 모두 사멸시켜 높은 항균효과를 확인할 수 있었다. 불림단계의 찹쌀에 1% 사과산-구연산으로 정치 및 교반하면서 10분 동안 세척하였을 때 일반세균과 대장균군의 수가 각각 4.0 Log CFU/g와 5.0 Log CFU/g씩 감소하였다. 이상의 결과로 볼 때 1% 사과산-구연산으로 불린 찹쌀에 대해 침지와 교반으로 10분 동안 처리함으로써 전통 유과 제조과정 중 쌀의 불림단계에서 증가된 미생물을 효과적으로 저감화 할 수 있음을 확인하였다.