운문산 자연휴식년제구역 일원의 식물상과 용도를 파악하고자 2007년 11월부터 2009년 10월까지 월 평균 2회이상 조사하였다. 조사결과 운문산 일원에 분포하는 관속식물은 98과 304속 514종 3아종 68변종 20품종으로 총 605분류군이었다. 이중 희귀 및 멸종위기야생식물은 21분류군, 특산식물은 29분류군, 식물구계학적 특정식물종은 노랑무늬붓꽃과 천마 등 70분류군으로 나타났다. 귀화식물은 23분류군으로 나타났다. 용도별 구성은 식용 225분류군(37.2%), 약용 191분류군(31.6%), 관상용 64분류군(10.6%), 목초용 46분류군(7.6%), 목재용 18분류군(3.0%), 섬유용 14분류군(2.3%), 공업용 3분류군(0.5%)로 나타났다. 자연자원관리를 위하여 자연체험학습장으로 설정하여 불필요한 간섭을 최소화하고, 생태계의 변화에 대한 지속적인 모니터링을 통하여 효율적인 관리대책을 마련하는 방안이 요구된다.