본 연구에서는 대추나무 육종 연구 및 품종식별 등에 활용 가능한 microsatellite DNA표지를 개발 하였다. 또한 개발된 표지를 이용하여 국내 대추 3품종 8점(복조, 이조, 슈퍼왕대추)과, 중국에서 수집된 11품종을 분석하여 품종별 고유 DNA profile를 작성하고 품종 간 유연관계를 분석하였다. 대추나무 엽시료에서 DNA를 분리하고, Glenn과 Schable(2005)의 방법에 따라 microsatellite enrichment 라이브러리를 작성하였다. 작성된 라이브러리로부터 microsatellite repeat을 가지는 62개 contig 서열(Genebank Acc. No. KJ156642 - KJ156703)을 확보하고 이로부터 총 22개의 primer를 디자인 하였다. 이 중 품종 간 변이가 있고 재현성이 높은 15개 primer를 최종 선정하여 분석에 사용하였다. 대추나무 14품종 19점 시료를 분석한 결과 유전자좌에 따라 2개에서 7개의 대립유전자가 관찰되어 모든 유전자좌에서 다형성이 확인되었다. 국내 품종인 복조, 이조 및 슈퍼왕대추는 품종 내 개체 간 변이는 전혀 관찰되지 않았고, 품종 간에는 유전적 거리가 0.43-0.63사이 값을 보여 품종 식별에 활용 가치가 높은 것으로 판단되었다. UPGMA dendrogram을 통한 품종 간 유연관계를 분석한 결과 최근 우리나라에서 인기 있는 ‘슈퍼왕대추’는 중국에서 수집된 다른 대립종들과 유전적으로 유사한 경향을 보였다. 우리나라에서 널리 재배되는 ‘복조’ 품종은 중국 섬서성에서 수집된 ‘대백령’과 유전적으로 가장 가까웠다. 본 연구에서 개발된 microsatellite 표지는 대추나무 품종 유전·육종 연구 뿐 아니라, 품종 식별을 통한 유통단속에도 널리 활용될 수 있을 것으로 기대된다.