목포항 주변 해역의 6개 정점에서 1997년부터 2004년까지 수질의 계절 및 년간 변동에 대해 조사하였다. 염분, pH, 용존무기질소와 용존무기인은 년간 다양하게 나타났다. 염분은 1998년에 유의하게 나타났으나, 영양염 농도들은 1998년이 다른 년도보다 유의하게 높았다. 수온, DO, COD와 DIP의 농도는 계절 변동이 명확하게 나타났으며, 이러한 계절적인 변화는 영산강하구언에서 유입되는 담수의 계절적인 특징에 영향을 받았다. 수온, COD와 DIP는 8월에 유의하게 높았으나, 염분과 DO는 8월에 최소로 나타났다. 정점 1(영산강 하구언)의 수질은 영산강의 유입에 따른 낮은 염분과 높은 영양염의 특성을 보였으나, 정점 6(목포항 외해)은 주로의 외해의 특성을 보였다. 목포항 주변 해역에서 수질 인자간의 관계에서 염분은 COD, DO, pH, Chlorophyll a와 영양염 농도에 주요한 요인으로 나타났다.