독도는 대한민국 최동단에 위치한 화산섬으로서 독특한 기후와 생태계를 이룬다. 독도에 대한 생물다양성 연구가 진행되어 왔지만, 토양의 절지동물은 거의 조사된 바가 없다. 본 연구에서는 2023-2024년도에 독도에서 토양을 채취하여 Berlese-Tullgren 방법으로 토양응애를 분리하였 다. 종 동정을 위하여 형태학적 특징과 미토콘드리아 cytochrome c oxidase subunit I (COI) 유전자 염기서열 분석한 결과 국내 미기록종인 Macrocheles penicilliger (Berlese, 1904)으로 나타났다. 독도의 M. penicilliger의 흉판모 3쌍은 기존 문헌의 묘사된 것과 달리 첫째쌍은 말단이 깃털 형태이지만, 둘째 및 셋째쌍은 단순한 형태이었다. 또한, 동도와 서도에서 채집한 개체들의 COI 서열은 2.43% 차이가 있었으며 특히 서도 개체의 COI 염기서열은 벨기에 샘플과 100% 일치했다. 본 연구결과는 M. penicilliger의 유전적 다양성을 밝혔으며 독도에 분포한 원인으로서 철새의 둥 지에 서식하는 곤충들에 편승하여 이동하는 행동과 관계 있을 것이라고 추측한다.