본 연구는 국내에서 유통되고 있는 국내산 건고추의 품질 기준을 제시하기 위하여 농가에서 가장 많이 사용하고 있는 열풍 건조한 고추와 소비자가 선호하는 태양 건조한 고추를 지역별로 수집하여 물리화학적 및 미생물학적 품질비교를 하였다. 열풍건조한 고추와 태양 건조 고추의 건물량으로 환산한 캡사이신노이드 함량의 경우 열풍건조 시료는 10.85~126.39 mg%, 태양 건조 시료는 0.43~164.09 mg%로 넓은 범위의 분포도를 나타내었고, 총 유리당 함량은 각각 10.82~20.77%, 9.26~23.10%로 건조 방법에 따른 뚜렷한 차이를 보이지 않았다. 그러나 ASTA 값과 비타민 C 함량의 경우, 열풍건조 시료는 49.12~154.69, 0.0~1,010 mg%, 태양건조 시료는 70.08~182.13, 620~1,050 mg%로 태양건조 시료가 열풍건조 시료보다 높은 범위의 값을 보였다. 총균수와 효모의 경우, 열풍건조 시료군은 2.01~6.67 log CFU/g, 1.03~4.12 log CFU/g이었고, 태양 건조 시료군은 1.74~5.77 log CFU/g, 1.05~6.10 log CFU/g이었다. 또 병원성 미생물인 Clostridium perfringens와 Bacillus cereus도 건조 방법에 상관없이 검출되었다. 한편 이들 품질 특성들을 이용한 주성분 분석 결과 제1요인은 38.47%, 제2요인은 18.31%였고, 총 설명력은 56.78%였다. PC1은 비타민 C, ASTA값, 색도와 관련이 있었고, PC 2는 수분함량, 미생물 수, 건조 방법과 관련이 있었다. 본 연구결과는 국내에서 유통되고 있는 고춧가루의 건조방법에 따른 품질 차이와 미생물의 오염도가 확인되었고, 소비자가 원하는 고추 품질 지표에 유용한 정보로 활용될 수 있을 것으로 기대된다.