교정기관에는 특별사법경찰제도가 도입되어 교도관이 수사직무를 수행한다. 이는 교정기관의 장소가 통제되어 있고 전문적인 영역으로 인해 일반 경찰력이 미치지 못하기 때문에 교정업무에 전문적인 지식을 가진을 가진 교도관을 통해 자체적인 수사를 할 수 있도록 하여 사법공백을 예방하려는 것이다. 하지만 교정기관 중 군교도소는 ‘사법경찰관직무법의 교도소의 범위에 군교도소는 포함되지 않는다는 이유’로 특별사법경찰제도를 도입할 수 없는 현실이다. 군사법체계는 신분적 재판권으로 인해 군인 신분과 민간인 신분이 구분되어 있고, 군수사기관은 특정범죄를 제외하고는 민간인을 수사할 수 없다. 그럼에도 불구하고 군교도소에는 군인 신분 수용자와 민간인 신분 수용자가 함께 수용되어 있기 때문에 수용시설 안에서 수용자 간 형사사건이 발생 시 민간인 신분 수용자에 대해서는 민간경찰에서 하고, 군인 신분 수용자에 대해서는 군사경찰에서 수사를 하는 비효율적인 사건처리의 문제점이 있다. 따라서 군교도소의 수용자에 대해 신분에 관계없이 수사할 수 있는 특별사법경찰제도의 필요성과 도입 방안에 대한 논의가 필요하다.