2023년 3월4일 저녁 9시30분 (뉴욕 현지 시각), 속개된 UN BBNJ 정부간회의에서 결국 UN BBNJ 협정 성안이 완성되었다. 본 논문에서는 국가관할권이원 전체를 규율하는 새로운 법문서로 채택될 UN BBNJ 협정이 디지털염기서열정보라는 최첨단 해양바이오 과학기술을 어떻게 규정하고 있는지 조문별로 검토해 보고, 향후 우리의 대응방안에 대해 제언하고자 한다. 이를 위해 UN BBNJ 협정 성안의 연혁과 그 규제 대상인 디지털염기서열정보의 논의 추이를 정리하고, UN BBNJ협정상 디지털염기서열정보 관련 조문을 하나씩 살펴보았다. 그리고 결론에서 향후 UN BBNJ 협정 이행을 위해서 우리가 고려해야 할 사항과 대응 방안을 국내 대응 방안과 국제 대응 방안으로 나누어 제언하였다. 국내 대응 방안으로는 국가관할권이원유래 디지털염기서열정보 통합관리제도 수립을 제언하였다. 그 이유는 현 UN BBNJ 협정 제10조가 국가관할권유래 디지털염기서열정보 통보·관리·보고·추적, 제도 수립을 규정하고 있기 때문이다. UN BBNJ 협정 제10조의 실효적 이행을 위해서는 현재 우리 국가관할권이원유래 디지털염기서열정보 관리상황에 대한 현황조사가 우선되어야 할 것으로 보인다. 국제 대응 방안으로는 첫째 제8조 적용조항 예외 선언 문제에 대한 결정, 둘째 UN BBNJ 정부간회의 당사국 총회 대응 전략 수립, 셋째 적극적인 생물다양성협약 당사국총회 참여를 제안하였다. 제8조에 대한 예외 선언을 하지 않는 경우, UN BBNJ 협정 발효이전에 생성된 디지털염기서열정보가 UN BBNJ 협정의 적용범위에 들어가기 때문에 현재 우리가 생성한 국가관할권이원 유래 디지털염기서열정보 현황에 따라 우리 산학연에 큰 부담이 될 수 있기 때문이다. 그리고 BBNJ 정부간회의 당사국총회와 생물다양성협약 당사국 총회에 대한 적극적이고 전략적인 대응을 제안한 이유는 UN BBNJ 협정이 당사국 총회에 많은 권능을 디지털염기서열정보의 관리 및 이익공유 분야에 부여하고 있기 때문이며, 생물다양성협약 당사국총회의 결정이 향후 UN BBNJ 협정에 큰 영향을 미칠 것으로 예측되기 때문이다. 특히 디지털염기서열정보의 범위와 정의가 아직 확정되지 않은 상황에서 생물다양성협약 당사국총회가 디지털염기서열정보의 범위와 정의에 대한 합의를 도출한다면, UN BBNJ 협정 역시 이를 준용할 가능성이 높으므로 UN BBNJ 협정 당사국총회와 생물다양성협약 당사국총회에 대한 통합적 대응이 필요하다.