부산항 신항의 배후단지는 복잡한 관련법 및 관련기관의 다원화로 항만설립 취지에 맞지 않는 사업이 시행되는 등 항만사업이 원활이 운영되지 못하고 있다. 예를 들어, 관련기관 간 협의 없이 공급된 대규모 아파트 단지는 항만배후부지의 물류기능 수행에 지장을 주고 있으며, 각종 교통편의시설의 설치 및 관리 기능은 여러 기관에 분산되거나 중복되어 있어 업무 수행 상의 혼란과 책임 떠넘기기 현상이 초래 되고 있다. 부산항 신항과 배후단지가 항만으로서의 고유기능을 제대로 수행하기 위해서는 이러한 문제점에 대한 해결책이 반드시 필요한 실 정이다. 이와 같은 문제의식 하에서 본 연구는 정부 간 기능배분의 원칙(이론)에 기초하여 부산항 신항 배후단지 개발 및 관리관련 기능의 정부 간 배분 상의 문제를 분석하고, 기능배분의 개선방안을 제시하는 것을 목적으로 하였다. 분석결과, 특히 주거시설의 공급, 교통편의시설 설치 및 관리 등과 관련된 기능배분이 행정책임 명료화, 효율성, 보충성, 포괄성 등의 기능배분 원칙에 맞지 않아 많은 문제가 야기되고 있음을 발견할 수 있었다. 이와 같은 문제점 분석 결과에 기초하여, 관련 기관 간 행정협의회의 제도화, 광역행정 방식의 활용(사무위탁, 지방자치단체 간 조합 등), 특별지방자치단체의 설립(지방자치단체 간 조합, BPA 등) 등과 같은 기능배분과 관련된 개선방안을 제시하였다.