2004년 5월부터 11월까지 원주천 어류군집의 변화를 조사한 결과는 다음과 같다. 조사된 어종은 총 6과 24종이었으며 이들 중 한국고유종은 가는돌고기(Pseudopungtungia tenuicorpa), 쉬리(Coreoleuciscus splendidus), 긴몰개(Squalidus gracitis majimae), 몰개(Squalidus japonicus coreanus), 돌마자(Microphysogobio yaluensis), 배가사리(Microphysogobio longidorsalis), 참종개(Iksookimia koreensis), 새코미꾸리(Koreocobitis rotundicaudata), 퉁가리(Liobagus andersoni) 및 얼룩동사리(Odontobutis interrupta) 등 10종(41.7%)이었다. 본 조사에서 피라미(Zacco platypus)가 54.7%로 우점하였고 버들치(Rhynthocypris oxycephalus)가 16.7%로 아우점하였다. 또한 우세종은 붕어(Carassius auratus)가 5.4%, 참종개(I. koreensis) 3.4%, 종개(Orthrias toni) 3.3%, 돌고기(Pungtungia herzi) 3.0% 등의 순으로 확인되었다. 어류의 분포에 따라, 원주천은 비가중치 평균연결법(UPGMA)에 의해 2개의 군집으로 나누어졌다. 생활형에 따른 어류군집의 변화를 보면 저서성 어종의 수가 감소하였고 하상변화와 오염에 대한 내성이 강한 부유성 어종이 증가하는 것으로 나타났다.