여수석보는 1457년(세조 3) 세조실록에 처음 등장하며, 전라도에서 최초로 연해안에 설치된 석보이다. 고려말 이래로 왜구의 침입에 대비해 이루워지던 축성 사업은, 조선 태종대에 入保를 위한 대형 산성의 수축과 함께 연해안의 주요 관방처 축성으로 이어졌다. 세종 27년(1445)에 조정에서는 병조판서를 보내 경상도와 전라도의 연해안 여러 고을의 책보(柵堡)를 둘러보게 하였고, 그 해 8월에 두 도의 요해처에 각각 하나씩의 석보를 축조하도록 결정하였다. 하지만 흉년이란 재해 때문에 실행에 옮기지 못하고 만다. 그 후 여러 논의를 거쳐 마침내 여수 석보는 세조 3년(1457) 이전에 완성되고, 경상도 울산의 유포(柳浦)석보는 세조 4년에 축조되기 시작하여 그 이듬해에 완성을 보았다. 여수 석보는 2회의 발굴조사 결과 성격이 어느 정도 밝혀 졌다. 이 성은 정사각형에 가까운 평지성으로, 외벽은 할석을 이용하여 아주 정연하게 쌓고 내벽은 흙을 이용하여 축성한 편축식 성곽이다. 성의 네모서리는 각을 이룬 형식 아니라 호형으로 처리한 특징을 보여주고 있다. 성벽의 기초부 너비 5.7~6m 정도를 15~30cm 크기의 판석재 할석을 전체적으로 깔고 있다. 이러한 기초 부분의 형식도 여수 석보의 한 특징이다. 성벽은 지대석 끝에서 안쪽으로 20~30cm 정도 들여서 1단을 올려 놓아 조선시대 다른 석축성과 같은 기법을 적용하였다. 전 구간에서 조사된 해자는 너비 5m 규모이며, 양쪽에 석축을 하여 토사방지를 하였다. 건물지는 석보의 중심부와 서쪽에서 각 3동과 5동 조사되었다. 서쪽에서 조사된 건물지에서 출토된 유물은 15~18세기 경으로 편년되고 있다. 따라서 이 건물지를 이용하였던 주체는 석보에 주둔하였던 군인들에 의해 처음 조영되었으며, 그들이 1522년 돌산진으로 이동한 후 언제부터 석보창 관련 시설물이었던 것으로 볼 수 있다. 중심부에서 조사된 건물지는 대부분 17세기 중후반에서 18세기대에 해당하는 유물들이 주를 이루워 석보창 관련 시설물로 사용되었던 것으로 추정할 수 있다.