선원법은 선원근로조건의 최저한을 보장하기 위해서는 행정관청의 적극적 감독 등이 필수적이라는 점을 고려하여, 선박소유자에게 선원근로계약상 일정한 사항에 관한 신고의무 및 이에 대한 행정관청의 공인제도를 규정하고 있다. 그러나 선원근로의 보호를 목적으로 하는 선원법상 승선공인제도는 선박직원으로서 선박에 승무할 사람의 자격을 정함으로써 선박 항행의 안전을 도모하기 위한 선박직원법상 면허증 등의 비치의무와는 그 입법목적과 성질을 달리한다. 한편 해양항만관청의 승선공인행위는 선박소유자 등의 신청에 대해 해양항 만관청이 사실의 진위 여부 및 존부를 확인하는 것이다. 따라서 이는 다툼이 없이 명확한 기존의 법률관계를 행정청이 확인하는 행위로서 단순한 ‘행정상 사실행위’에 지나지 않는다고 본다. 또한 해양항만관청의 승선공인은, 공인의무 위반을 이유로 한 과태료부과처분을 제외하고는 해양항만관청과 선박소유자 사이에 별도의 행정법관계를 발생시키지 않는다는 점에서 선원의 선박직원으로서의 자격 유무와 직접적 관련이 없다. 한편 상법상 해상운송인의 운항능력 주의의무의 내용인 선박의 안전한 운항에 필요한 선원의 승선이란 당해 선박과 운송물 및 항로 등을 고려할 때 적절한 수와 능력을 갖춘 선원을 승선시키는 것이다. 그러나 대법원은 운항능력구비 여부를 개별 사안에서 문제가 된 특정 선원이 선박의 운항에 필요한 적절한 능력을 구비하고 있는지 여부를 중심으로 판단하고 있다. 따라서 선원의 법령 소정의 교육 · 훈련 이수 여부는 인적 감항 능력 구비 여부 판단에 중요한 요소라고 볼 수 있다. 그러나 승선공인이 선원 등의 자격유지의 필요조건이라거나 승선공인을 받지 않은 자의 승무제한조치를 취할 근거규정이라고 해석할 수는 없으므로, 승선공인과 인적감항능력 구비 여부와는 직접적 관련이 없다. 그렇다면 설령 선원법상 승선공인을 받지 않은 선장 등이 승선한 경우에도, 해상운송계약을 이행하기 위해 필요한 자격과 경험 및 필요한 교육 · 훈련을 갖춘 필요한 수의 선원이 승선한 경우에는 해상운 송인이 감항능력주의의무를 위반하였다고 보기는 어렵다.

그동안 해양안전심판원에서는 비록 유효한 해기사 면허를 소지하였다고 할 지라도 「선원법」에따라 “승선공인을 받지 않은 어선 등의 선장은 해당 선박 직원의 직무를 수행하여서는 아니 된다”는 태도를 견지해 왔다. 따라서 해양안직무를 수행하던 자를 “무자격 선원”으로 보고 “사고 당시 이 선박은 무자격자에 의해 운항되었다”고 판단하였다. 그럼에도 불구하고 선장 직무를 수행하던 자가 소지한 해기사 면허에 대하여 업무정지 등의 행정처분을 한 경우와 해기사 면허에 대한 행정처분을 하지 않고 단지 개선을 권고하는 재결을 한 경우로 나누어져 문제가 되었다. 특히 승선공인은 받지 않았으나 해양사고관련자가 소형선박 조종사 면허를 행사하여 소형선박 선장의 직무를 수행하던 중 항해과실로 해양사고를 야기한 경우, 해양사고관련자가 가진 6급 항해사 면허에도 행정 처분을 한 사례가 있어 논란을 일으켰다. 이러한 복수의 면허에 대한 행정처분은 그 필요성이 인정되기도 하나 법률적 근거가 없으므로 이에 대한 대책이 필요하다. 또한 관련 규정들과 법원의 태도 등을 고려할 때 비록 승선공인이 이루어지지 않았더라도 그가 유효한 면허를 소지하고 실질적으로 선장의 직무를 수행하고 있었다면 선장으로서의 지위를 인정하고, 그 책임을 물어 해당 면허에 대한 행정처분을 내리는 것이 타당할 것으로 보인다.