제주특별자치도 및 제주국제자유도시의 설립취지와 제주특별법상의 고도의 자치권실현의 의미에 부합하기 위한 근본적인 법정비작업은 헌법에서의 보장규정 신설이 가장 적절한 방법이 될 것이다. 제주특별자치도 재정고권의 헌법화에 대한 구체적 방안은 두 가지의 쟁점을 내포하고 있다.첫째, 제주특별자치도에 대한 고도의 자치권을 보장한다는 최초 설립취지 및 제주특별법의 규정에 맞게 헌법을 통해 제주특별자치도에 대해서는 과세자주권 등의 재정고권에 대한 포괄적 근거규정의 도입이 필요하다.둘째, 제주에서 시행되는 특별자치와 국제자유도시의 성공적 실현을 위해 필요불가결한 재원의 확충을 위한 실질적 재원보장규정이 도입되어야 한다.제주특별법의 자주재원 확충을 위한 또 한 가지 방법으로서는 제주도가 가지는 지역적․경제적 특성을 고려하여 제주지역에서 새로운 세원으로 포착될 수 있는 세목을 창설하는 것이다.새로운 조세종목의 창설은 국회의 개정권한을 통한 제주특별법의 개정으로 가능하며 이 경우 제주특별법의 재정관련 조항을 개정 또는 신설하여 신세목을 창설할 수 있다.자주재원의 확보로서 세수증대의 효과가 가장 큰 국세의 이양 등에 대한 조치가 실행될 것이 긴절하며 이것은 위 법 제4조 제3항의 실행규정을 도입하여 실효력을 가진 법규정이 되도록 하는 조치가 이루어져야 할 것이다.보통교부세의 교부율을 증가시킬 것이 요구되며, 교부율의 증액이 어려울 경우, 최소한 제주도의 재정부족분이 교부세지급율 3%를 초과하는 부분에 대한 보전이 법적으로 보장되어야 할 것이다. 제주특별자치도의 특별한 재정상황과 재정수요에 맞는 기준재정수요측정항목들을 독자적으로 채택하여 제주특별법에 규정화 할 것이 필요하다.