1877년 일본 태정관지령은 1699년의 한일 간의 국경조약을 일본 국내법령으로 수용한 것이었다. 태정관지령이 성립함으로써 일본은 조일 간의 국경 합의를 지켜가기 위한 국내외적 법령체계를 완비하게 되었다. 본고에서는 이를 조일/한일국경조약체제로 규정했다. 이 체제는 메이지헌법체제 하에서도 계속 효력을 유지하여 적어도 일본이 독도 편입 조치를 취하는 1905년 2월까지 작동하고 있었다. 조일국경조약체제 하에서 취해진 일본의 독도 편입 조치는 태정관지령에 위배된다. 상위법 위반의 소지가 있는 각의 결정 및 시마네 현 고시는 원천무효이다. 그리고 1699년의 국경조약을 승계한 태정관지령의 무효화는 한일 간의 국경조약의 파기를 의미한다. 조약 파기를 위해서 일본은 조선정부에 통고 의무를 가지고 있으나 일본 정부는 조선 정부에 통보하지 않으므로 국제법적으로 효력을 가질 수 없다. 1905년 당시에 조일국경조약체제가 유효하게 작동하고 있었다는 사실은 일본이 독도와 울릉도를 조선 땅으로 인정하고 있었다는 것을 말한다. 따라서 무주지선점론을 근거로 독도를 편입한 일본의 각의 결정은 모순이다. 다음으로 1951년의 새프란시스코조약 제2조a항의 해석에 관해서이다. 조일국경조약체제에 의해 1905년의 일본의 독도편입이 법리적으로 무효이기 때문에 독도가 “1905년부터 지금까지 일본 시마네 현 오키섬 지청 관할 하에 있었다”는 딘 러스크 서한의 내용은 더 이상 의미가 없다. 따라서 딘 러스크 서한을 근거로 한 일본의 주장은 성립할 수 없다. 이는 역설적으로 샌프란시스코조약을 이용한 독도에 대한 한국의 영유권 확보의 가능성을 열어준다고 하겠다.