세월호 사고 이후 내항선 분야의 해사안전관리를 강화하기 위하여 해사안전감독관 제도가 도입되었다. 이들은 선박에 대한 정기 및 수시 지도·감독 중 선박의 시설 분야에서 중대한 결함사항이 발견되면 시정이 완료될 때 까지 선박의 항행을 정지하는 행정처분을 하고 있다. 항행정지명령은 내항선박에 대하여 해사안전감독관이 행사하는 강장 강력한 규제행위의 일종이다. 선박의 안전과 해양환경보호를 위한 해사안전감독관에 의한 내항선박의 지도·감독의 중요성은 아무리 강조해도 지나치지 않을 것이다. 그러나 각 지방해양수산청의 선박에 대한 규제의 정도는 이를 집행하는 사람에 따라 다소의 개인차가 있을 수 있으며, 집행과정에서 개인의 고의 또는 과실이 발생할 수가 있다. 지방해양수산청에 의한 선박의 억류는 선박운항 상의 지체를 가져오기 쉽고, 용선계약의 정지에 의하여 선박의 소유자는 많은 경제적 손실을 입을 수 있다. 그럼에도 불구하고 해사안전법에서는 해사안전감독관에 의한 항행정지명령의 행정처분에 대하여 이의 신청과 같은 불복절차를 규정하지 않고 있다. 따라서 이러한 문제점을 극복하기 위하여 지도·감독의 근거가 되는 해사안전법 상에 개인의 고의 또는 과실에 의한 부당한 항행정지 행정처분에 대하여 이의신청을 통한 권리의 구제가 가능하도록 제도를 개선해야 한다.

세월호 사고 이후 내항선 안전관리분야에서의 가장 큰 변화는 해사안전감독관 제도의 도입이라 할 수 있다. 이 제도의 도입으로 내항여객선의 안전관리는 운항관리자와 해양경찰로부터 운항관리자와 새로이 도입된 해사안전감독관으로 변경되었다. 또한 내항화물선의 안전관리도 선박검사관으로부터 해사안전감독관과 선박검사관에 의한 안전관리의 체계로 전환되었다. 그러나 새로이 도입된 이 제도는 전문임기제에 따른 감독관의 신분상의 불안으로 인한 업무연속성 부족, 감독대상의 현실을 무시한 감독관의 자격요건 설정, 내항화물선에 대한 심사와 지도·감독기관의 분리로 인한 업무혼선 및 감항성 확보를 위한 항행정지 개선명령 분야의 한계 등에 대한 문제점이 여전히 남아 있다. 내항선의 안전관리를 보다 강화하기 위해서는 내항선 안전관리 업무를 실질적으로 수행하고 있는 해사안전 감독관 제도의 정착이 필수적이라 아니할 수 없다. 따라서 이러한 문제점을 개선하기 위해서는, 내항화물선에 대해서 통합된 단일기관에 의한 체계적인 안전관리가 이루어져야 하며, 전문임기제인 감독관의 신분상의 제약에 대한 개선이 동시에 이루어져야 한다. 또한 항행정지 개선명령의 분야를 확대하고, 선장·기관장 및 국제선급의 검사원 경험자 위주로 감독관의 자격을 강화해서 보다 체계적이고 실질적인 내항선의 안전관리가 되도록 해야 할 것이다.