세월호 사고 이후 내항선 분야의 해사안전관리를 강화하기 위하여 해사안전감독관 제도가 도입되었다. 이들은 선박에 대한 정기 및 수시 지도·감독 중 선박의 시설 분야에서 중대한 결함사항이 발견되면 시정이 완료될 때 까지 선박의 항행을 정지하는 행정처분을 하고 있다. 항행정지명령은 내항선박에 대하여 해사안전감독관이 행사하는 강장 강력한 규제행위의 일종이다. 선박의 안전과 해양환경보호를 위한 해사안전감독관에 의한 내항선박의 지도·감독의 중요성은 아무리 강조해도 지나치지 않을 것이다. 그러나 각 지방해양수산청의 선박에 대한 규제의 정도는 이를 집행하는 사람에 따라 다소의 개인차가 있을 수 있으며, 집행과정에서 개인의 고의 또는 과실이 발생할 수가 있다. 지방해양수산청에 의한 선박의 억류는 선박운항 상의 지체를 가져오기 쉽고, 용선계약의 정지에 의하여 선박의 소유자는 많은 경제적 손실을 입을 수 있다. 그럼에도 불구하고 해사안전법에서는 해사안전감독관에 의한 항행정지명령의 행정처분에 대하여 이의 신청과 같은 불복절차를 규정하지 않고 있다. 따라서 이러한 문제점을 극복하기 위하여 지도·감독의 근거가 되는 해사안전법 상에 개인의 고의 또는 과실에 의한 부당한 항행정지 행정처분에 대하여 이의신청을 통한 권리의 구제가 가능하도록 제도를 개선해야 한다.

세월호 사고 이후 우리나라의 해사안전분야에 해사안전감독관 제도가 도입됨으로써 내항선분야의 안전관리는 한층 강화되었다. 해양사고의 방지를 위해 도입된 해사안전감독관 제도는 정기 및 수시 지도·감독을 통하여 해양사고 방지활동을 하고 있다. 이들은 지도·감독 중에 발견된 여러 결함들에 대해서는 선박시설의 보완이나 대체, 소속 임직원에 대한 교육 및 훈련의 실시, 소속 직원의 근무시간 등 근무환경의 개선, 그 밖에 해사안전관리에 관한 업무의 개선 등의 4가지 분야로 분류하여 시정조치를 요구하는 개선명령의 조치를 취하고 있다. 또한 이들 중 선박의 시설분야는 그 시설의 보완이나 대체가 완료될 때까지 항행정지를 같이 명령할 수 있도록 하여 해양사고 예방에 기여하고 있다. 그러나 선박의 안전운항에 심각한 위협을 주는 결함에 대해서는 비단 시설분야뿐만 아니라 다른 분야에서도 항행정지 명령의 처분을 할 수 있어야 한다. 그럼에도 불구하고 현재의 항행정지명령 제도는 시설분야만으로 제한되어 있어서 해양사고 예방활동을 위한 감독관의 지도·감독에는 한계가 있다. 따라서 감항성 확보를 통한 해양사고 예방을 위하여 선박의 시설분야뿐만 아니라 화물적하운용, 증서 및 문서, 안전관리체제, 비상훈련을 포함한 인적요소, 근로조건 등의 분야까지 확대하여 항행정지 명령이 가능하도록 해사안전감독관의 항행정지 명령 제도의 개선이 필요하다.

세월호 사고 이후 내항선 안전관리분야에서의 가장 큰 변화는 해사안전감독관 제도의 도입이라 할 수 있다. 이 제도의 도입으로 내항여객선의 안전관리는 운항관리자와 해양경찰로부터 운항관리자와 새로이 도입된 해사안전감독관으로 변경되었다. 또한 내항화물선의 안전관리도 선박검사관으로부터 해사안전감독관과 선박검사관에 의한 안전관리의 체계로 전환되었다. 그러나 새로이 도입된 이 제도는 전문임기제에 따른 감독관의 신분상의 불안으로 인한 업무연속성 부족, 감독대상의 현실을 무시한 감독관의 자격요건 설정, 내항화물선에 대한 심사와 지도·감독기관의 분리로 인한 업무혼선 및 감항성 확보를 위한 항행정지 개선명령 분야의 한계 등에 대한 문제점이 여전히 남아 있다. 내항선의 안전관리를 보다 강화하기 위해서는 내항선 안전관리 업무를 실질적으로 수행하고 있는 해사안전 감독관 제도의 정착이 필수적이라 아니할 수 없다. 따라서 이러한 문제점을 개선하기 위해서는, 내항화물선에 대해서 통합된 단일기관에 의한 체계적인 안전관리가 이루어져야 하며, 전문임기제인 감독관의 신분상의 제약에 대한 개선이 동시에 이루어져야 한다. 또한 항행정지 개선명령의 분야를 확대하고, 선장·기관장 및 국제선급의 검사원 경험자 위주로 감독관의 자격을 강화해서 보다 체계적이고 실질적인 내항선의 안전관리가 되도록 해야 할 것이다.