우리 경제에서 중소기업의 경제적 기여도는 꾸준히 증가하고 있으나 이들의 연구개발 활동은 미진한 것으로 보인다. 5인 이상 전체 중소제조업체의 18%만이 연구개발을 수행하고 있으며, 투자 규모에 있어서는 중소제조업 총 매출액의 0.61%에 지나지 않는다. 이 같은 양상을 개선하기 위해 정부는 그동안 다양한 지원책을 도입한 바 있다. 그 중 경쟁력이 있는 중소기업을 기술혁신형 기업(Inno-Biz)이나 벤처기업으로 지정해 지원하는 전략은 중소기업 지원정책에서 한 축을 담당해 왔다. 그러나 이에 관한 효과 분석은 거의 이루어지지 않은 상태이다. 이에 본 연구는 혁신형 중소기업 지정제도가 연구개발투자에 어떠한 영향을 미치는지 실증분석을 통하여 입증하고자 하였다. 특히 지정된 기업과 그렇지 못한 기업 간의 본질적인 특성 차이가 존재할 것이라는 가정 하에 Treatment Effect 모형을 적용하여 분석하였다. 분석 결과, 혁신형 중소기업 지정제도는 기업의 연구개발투자를 높이는 유의미한 설명변수임을 알 수 있었다. 또한 지정기업들과 비지정기업들 사이의 선택편의가 강하게 존재함을 확인할 수 있었다. 즉, 지정된 중소기업은 그렇지 않은 기업에 비해 기술수준이 높고, 매출액 대비 교육훈련비나 연구인력의 비중이 높았으며, 전기전자나 건설엔지니어링과 같은 지식집약 서비스산업으로 분류되는 기업들의 경우에 해당되었다. 그리고 중소기업의 연구개발투자 집약도는 앞서 지적한 바와 같이 지정기업이거나 고기술 기업군에 속할수록, 규모가 작은 기업일수록, 고숙련 인력구조에 가질수록, 기술개발 전담요원이나 기술개발 성공요인 등이 유의하게 설명하고 있음을 확인할 수 있었다.