지구 온난화 가속화에 따른 환경 규제 강화 속에서, 유럽연합(EU)은 2050년 기후 중립(Net-Zero) 달성을 목표로 ‘Fit for 55’ 패키지 를 발표하고 해운 부문을 탄소배출권 거래제(EU ETS)에 단계적으로 편입시키고 있다. 본 연구는 EU ETS의 해운 부문 적용이 우리나라 해 운선사에 미치는 경제적 영향을 정량적으로 분석하고, 온실가스 저감 수단으로서 바이오연료 사용의 경제성을 평가하여 효율적인 대응 방 안을 모색하는 것을 목적으로 한다. 이를 위해 2024년 EU MRV에 보고된 THETIS-MRV 공개 데이터를 활용하여 국내 해운선사가 소유·관리 하는 선박의 연료소모량과 탄소배출량을 분석하였다. 분석 결과, EU ETS가 전면 적용되는 2026년 이후 국내 해운선사가 부담해야 할 연간 탄소배출권 비용은 약 1,262억 원(약 7,700만 유로) 이상으로 추정되며, 선종별로는 컨테이너선과 자동차운반선의 부담이 가장 큰 것으로 나 타났다. EU ETS 대응 방안으로 유럽 관련 항차에 바이오연료를 적용한 결과, EU/EEA 회원국 간 항차 및 EU 항만 내 구간에서 바이오연료 를 사용하는 경우가 가장 높은 비용효과성을 보였다. 그러나 현 시점에서는 바이오연료의 높은 가격으로 인해 EU ETS 비용 절감만을 목적 으로 한 사용은 경제적 타당성이 확보되지 않았다. 비용–편익 분석 결과, 2025년 말 EUA 가격(€82.22) 기준으로 바이오연료와 기존 화석 연료 간 가격 차이가 USD 75 이하로 축소될 경우 경제적 타당성이 확보되는 것으로 분석되었다. 이러한 결과는 바이오연료 확산을 위해 탄소가격 신호에만 의존하기보다는, 연료 가격 격차 완화를 위한 정책적 지원과 공급 인프라 구축이 병행될 필요가 있음을 시사한다.