친환경 유기농산물과 식품에 대한 안정성이 소비자들에게 중요한 관심이 되고 있는 시점에서 친환경제제의 개발과 적용이 다양하게 이루어지고 있다. 최근 지구온난화의 영향으로 인하여, 벼 재배지의 주요병으로 잎집무늬마름병의 발생이 크게 증가하고 있다. 벼 잎집무늬마름병의 친환경방제 방법에 대한 선행 연구가 미미한 실증으로, 본 연구에서는 친환경제제 처리에 의해 변화하는 논토양의 화학적 특성, 미생물 군집 및 벼잎집무늬마름병의 발생정도를 조사하였다. 토양의 화학적 특성은 관행구가 약 pH 5.0로 나타났으며 친환경제제 처리구는 평균 약 pH 5.5로 높아지는 경향으로 나타났다. 유효인산의 함량의 경우 이앙전에는 27%, 등숙기에는 37%와 수확기에는 5% 높게 나타났다. 치환성 칼슘의 경우 친환경제제 처리구에서 높게 나타났으며 미생물 생체량도 관행구에 비하여 친환경제제 처리구에서 2배 높은 것으로 나타났다. 그람 양성균과 그람 음성균이 각각 친환경제제 처리구에서 69와 43%로 증가하는 것으로 나타났다. 진균의 경우에도 30%, 고초균도 105%가 친환경제제 처리구에서 증가하였다. 벼잎집무늬마름병 발생 억제 효과는 관행구에 비하여 친환경제제 처리구에서 약 75% 발병이 억제되는 효과가 나타났으며, 이러한 결과로 친환경제제의 처리는 식품안정성과 유기농산물 생산 기여할 것으로 기대된다.