UN해양법협약은 해양에서 선박통항의 자유를 인정하되 선박에 대한 관할과 관리는 선적국에 부여하고 있다. 그런데, UN해양법협약 등에서 선박의 국적부여 권한을 각국에 맡겨 선박의 소유국과 선적국의 불일치를 인정함으로써 해양질서 유지에 어려움을 초래하고 있다. 특히, 형사관할에 대하여 기국위주의 배타적 행사를 인정하여 선적국의 관할권 행사가 이루어지지 않거나 피해국 입장이 반영되지 않는 문제점이 노정되고 있다. 본고에서는 이러한 문제의식하에 UN해양법협약을 중심으로 선박과 기국에 관한 국제법적 규정과 이에 따른 문제점들을 해양사고 발생에 따른 형사관할권의 소재를 중심으로 살펴보고 기국주의에 따른 형사관할권이 어떻게 결정되는지 몇 몇 사례에서 살펴본다. 또한 국제 형사실무에서 이루어지는 형사사법 공조체계를 살펴보고 기국관할에 따른 문제점을 보완할 수 있는 몇 가지 대안을 제시해 보고자 한다.