본 연구는 금강 수계 일부 지역에서 한정적으로 서식하는 멸종위기 1급 어종인 미호종개 (Cobitis choii)의 서식 현황 과 적합한 서식지 환경 조건을 파악하기 위하여 실시하였 다. 미호종개 (Cobitis choii) 는 미호천의 인근 수계 및 금강 일부 지역에 한정적으로 서식하는 한국 고유종으로 미호종 개를 법적으로 보호하기 위해서 환경부 멸종위기종으로 지 정하여, 현재 천연기념물 (제454호)로 지정되어있다. 조사 는 백곡천, 유구천, 갑천에서 각각 실시하였으며, 미호종개 (Cobitis choii)의 개체수는 평균 2.6 개체가 채집되어 극히 희소하게 분포되어 있는 종으로써 종 보존이 아주 시급한 것으로 나타났다. 미호종개가 출현한 지역의 하상구조는 60% 이상이 가는 모래로 이루어져있고, 평균 1㎜ 크기의 모래입자에서 가장 높은 빈도로 출현하는 것으로 분석되었 다. 또한, 최적 서식지 조건으로 최적 수심은 20 - 60㎝로 비교적 얕고, 최적 유속은 0.4 m3/s 이하의 느린 흐름과 소 가 반복적으로 나타나 최적 유량 범위가 0 - 2 m3/s 인 구간 에서 주로 서식하는 것으로 나타났다. 미소서식처는 하천정 비 등의 인위적인 요인과 도심과 농경지로부터의 영양 염류 유입에 민감하게 반응하여 직접적인 영향을 주는 것으로 알려져 있다. 따라서, 멸종 위기종인 미호종개의 보존을 위 해서 향후 대체서식지를 마련되어야 될 것으로 사료된다.