글로벌-GAP 수행 및 인증과정에서 농약잔류문제는 가장 중요하게 취급되고 있 는 이슈 중 하나이다. 글로벌-GAP 작물분야(Crop Base) 지침에서 농약에 대한 MRL(농약잔류허용기준) 위험평가를 실시하도록 규정하고 있다. 즉 ‘CB8.6.3 생 산물의 최종 판매시장(국가)에서 요구하는 MRL(농약잔류허용수준) 수준에 적합 하도록 농가를 관리할 수 있는 농약 잔류위험평가(MRL-Risk Assessment) 절차를 갖추고 있어야 한다’와 ‘CB8.6.4 농약잔류위험평가의 결과에 따라 잔류분석이 필 요하다고 평가된 농가에 대한 농약잔류분석 성적서를 갖고 있어야 한다’라 할 수 있다. 농약잔류분석을 생략하는 경우는 ①잔류초과, 미고시 농약사용 등 위반건수 가 없다는 것을 4년 이상 추적할 수 있는 경우, ②약제의 최소 또는 미사용한 경우, ③수확기 근접하여 약제를 사용하지 않은 경우, 즉 해당 약제의 안전사용기간 보다 훨씬 긴 안전사용기간을 준수한 경우, ④농약잔류위험평가가 인증기관 심사자, 전 문가 등 제3자 또는 소비자에 의하여 실시되어 보증된 경우 등이다. 유럽으로 감귤 수출을 진행하면서 글로벌-GAP 규격에 준하여 농가의 실시한 방제내용에 대하여 MRL 위험평가를 실시하고, 잔류농약분석을 실시하였으며 이를 바탕으로 MRL 위험평가체계를 수립하였다.