세월호 사고 이후 내항선 안전관리분야에서의 가장 큰 변화는 해사안전감독관 제도의 도입이라 할 수 있다. 이 제도의 도입으로 내항여객선의 안전관리는 운항관리자와 해양경찰로부터 운항관리자와 새로이 도입된 해사안전감독관으로 변경되었다. 또한 내항화물선의 안전관리도 선박검사관으로부터 해사안전감독관과 선박검사관에 의한 안전관리의 체계로 전환되었다. 그러나 새로이 도입된 이 제도는 전문임기제에 따른 감독관의 신분상의 불안으로 인한 업무연속성 부족, 감독대상의 현실을 무시한 감독관의 자격요건 설정, 내항화물선에 대한 심사와 지도·감독기관의 분리로 인한 업무혼선 및 감항성 확보를 위한 항행정지 개선명령 분야의 한계 등에 대한 문제점이 여전히 남아 있다. 내항선의 안전관리를 보다 강화하기 위해서는 내항선 안전관리 업무를 실질적으로 수행하고 있는 해사안전 감독관 제도의 정착이 필수적이라 아니할 수 없다. 따라서 이러한 문제점을 개선하기 위해서는, 내항화물선에 대해서 통합된 단일기관에 의한 체계적인 안전관리가 이루어져야 하며, 전문임기제인 감독관의 신분상의 제약에 대한 개선이 동시에 이루어져야 한다. 또한 항행정지 개선명령의 분야를 확대하고, 선장·기관장 및 국제선급의 검사원 경험자 위주로 감독관의 자격을 강화해서 보다 체계적이고 실질적인 내항선의 안전관리가 되도록 해야 할 것이다.