본 논문은 사후적인 정량적 성과를 바탕으로 재정사업을 관리하는 기존체계에서 벗어나 사업의 출발점으로서의 미션의 역할을 강조하고자 한다. 이를 위해 선행연구가 탐색적으로 제시한 국가연구개발사업의 미션구성체와 이를 활용한 사업포트폴리오모형을 구체화하여야 한다. 본 논문에서는 미션구성체를 측정가능성 측면에서 재구성하고, 사업포트폴리오모형에 대한 측정도구를 설계하였다. 더 나아가 현재 진행되고 있는 7개의 대표적인 국가연구개발사업을 선정하여 사례연구를 진행함으로써 모형의 경험적 타당성과 전략적 의미를 논의하였다. 사례연구는 사업들의 정태적 및 동태적 차원에서 사업간 그리고 사업 내의 연도별 변화 추이를 바탕으로 개별사업들의 상대적 차이와 포지션의 적절성에 대해 논의하였다.