운문산 상류 수계의 저서성 대형무척추동물상 조사 및 생물학적 수질평가는 2007년 11월에서 2008년 9월까지 시행되었으며 조사결과 4문 5강 13목 61과 106속 140종이 조사되었다. 전 지점을 종합해 볼 때 날도래목의 네모집날도래 KUa가 우점종이며 지점별 우점도지수(DI)를 살펴보면 2지점이 0.553으로 가장 높았으며 7지점이 0.354로 가장 낮게 나타났다. 다양도지수(H')에서는 7지점이 2.18로 가장 높았으며 2지점이 1.75로 가장 낮게 나타났다. 저서성 대형무척추동물 생태점수(ESB)애서는 4지점과 7지점이 85로 가장 높게 나타나 '최우선보호수역'으로 판정되었으며 5 지점이 51 로 가장 낮게 나타나 '보호수역'으로 판정되었으며 전 지점 모두 오수생물계열에서 '변부수성'을 나타냈다.

2007년 11월부터 2008년 10월까지 경상북도 청도군 운문면과 경남 밀양시 산내면 경계에 있는 운문산의 육상곤충류의 생태 조사의 결과 총 14목 151과 610속 756종이 채집되었다. U1에서 U4에 이르는 조사 지점에서 출현 분류군별 점유율은 나비목, 딱정벌레목, 벌목의 순으로 높은 수준을 보였다. 나비목이 252종으로 33.3%의 점유율을 보여 우점하고 있는 것으로 나타났으며, 딱정벌레목이 182종으로 24.1%의 점유율을 보여 아우점하는 것으로 나타났다. 환경부 지정 멸종위기 야생동물 II급 (곤충류) 목록에 포함되어 있는 쌍꼬리부전나비(Spindasis takanonis (Matsumura))와 희귀종인 애반딧불이(Luciola lateralis Motschulsky)의 서식이 확인되었다.

운문산 자연휴식년제를 실시한 지역에 자생하는 관속식물은 83과 235속 338종 3아종 54변종 12품종 총 407분류군으로 동정되었다. 멸종위기야생식물은 산작약과 솔나리 2분류군이 관찰되었으며, 한국특산식물은 개비자나무, 참개별꽃, 진범, 할미밀망, 털둥근이질풀, 자주꿩의다리 등을 포함한 13과 19속 15종 4변종 2품종 총 21분류군이 확인되었다. 식물구계학적 특정식물은 고란초, 승마, 산작약, 솔나리, 천마 등 35과 50속 51종 4변종 총 55분류군이 관찰되었다. 귀화식물은 4과 10속 9종 1변종 총 10분류군이며 도시화지수(U.I) 및 귀화율(N.I)은 3.51%, 2.46%이다. 생활형조성은 H-R5-D4-e type으로 나타났다.