본 연구에서는 파프리카 재배포장과 저온저장 후 미생물상을 조사하였으며, 동정된 미생물의 병원성을 검정하여 전염원 유입과 저장병 발생의 관련성을 조사하였다. 재배포장에서는 세균의 경우 과일표면에서 Bacillus spp., Clavibacter sp.와 Pseudomonas spp. 등 7종류의 세균이 분리되었으며 저온저장 후에는 인체에 유해한 균을 포함하여 Erwinia sp., Salmonella spp., Streptococcus spp. 등 8종류의 세균이 분리되었다. 재배포장과 저온저장 후 분리된 주요 진균은 Alternaria sp,, Botrytis sp,, Cladosporium sp,, Fusarium sp,와 Penicillium sp.가 분리되었으며, Geotrichum sp.은 저온저장 후 과일에서 분리되었다. 진균의 경우 분리된 균 모두 파프리카의 부패에 관여하는 것으로 나타났으나 분리된 세균을 단독으로 접종하였을 때 파프리카의 부패에 관여하지 않는 것으로 조사되었다. 이 결과로 진균에 의해 1차적으로 저장병이 발생한 후 세균에 의해 2차적 부패가 발생하는 것으로 판단된다.