본 연구에서는 식육원료 4종(소, 돼지, 말 및 닭)을 각 각 판별하기 위하여 real-time PCR을 이용한 판별법을 개발하였다. 종판별을 위한 유전자로는 미토콘드리아 유전자 중 12S rRNA와 16S rRNA 부분을 대상으로 하였으며, 특이 프로브의 Reporter dye는 FAM, Quencher dye는 TAMRA로 설계하였다. 개발된 프라이머 및 프로브 세트 로 유사종에 대한 비 특이적 signal의 생성 유무를 관찰하기 위하여 총 10종을 대상으로 특이성을 확인한 결과, 비 특이적 signal은 확인되지 않았다. 식육원료에 대하여 realtime PCR을 통한 식육 판별 시 식육 혼합 방법에 따른 CT값의 유의적인 차이는 없었다. 의도적 혼합 및 비의도적 혼입을 판별하기 위한 정량법 개발에서는 의도적 혼합의 경우 100% 식육과의 CT 값 차이가 4 cycle 이내이고, 비의도적 혼입일 경우 100% 식육과의 CT 값 차이가 6 cycle 이상이었다. 따라서 본 연구를 통하여 개발한 식육 원료의 의도적, 비의도적 혼입 판별법은 불량식품 유통 근절 및 소비자 인권보호에 크게 기여할 것으로 기대된다.