2018년 말 우리나라는 총 52개의 국가와 15개의 FTA(자유무역협정)을 발효 중에 있다. 이러한 FTA의 협정관세를 적용 받기 위해서는 양허 대상 품목이어야 하며, 원산지규정을 준수하여 원산지상품으로 인정받는 것이 선행되어야 한다. 수산물은 그 생산에 있어 크게 영역 내 생산(영해 어업)과 영역 밖 생산(공해 어업)으로 나뉘며, 국제법에 근거하여 원산지가 정해지고, 이에 따라 교역된다. FTA에서도 이를 반영하여 협정문에 수산물의 원산지규정을 정하고 있다. 다양한 FTA의 활용과정에서 협정문의 원산지규정에 대한 개념과 내용을 실무에 적용할 경우 수산업자들은 원산지규정의 적용에 어려움을 호소하고 있다. 본 논문에서는 수산물 원산지판정과 FTA 원산지규정을 검토, 고찰 하고 각 협정별로 비교 분석 하였다. 기본적으로 수산물은 영해 생산인 경우 연안국주의, 공해 생산은 기국주의를 적용한다. 하지만 각 FTA별로 공해 어업의 원산지판정에 대한 규정과 인정 범위를 상이하게 두고 있다. 공해 생산의 원산지판정의 핵심은 기국주의의 인정 범위이며, FTA에서는 각 협정의 원산지규정에서 정하는 선박의 등록과 소유 및 기국의 요건을 따라야 한다. 한-EU FTA와 한-터키 FTA에서는 기국 및 선박의 역내 등록 및 역내 당사자의 소유를 요구하고 있으며, 한-EFTA FTA는 기국만을 요구한다. 그 외 협정에서는 선박이 당사국에 등록 되어야 하며, 기국을 요구하고 있다. 또한 수산물은 완전생산품이 대부분이기 때문에 완전생산기준의 근거가 되는 영역 내 생산과 영역 밖 생산 및 양식 생산의 치어 규정이 상이하다. 따라서 원산지규정을 명확히 이해하고 이를 활용한 대응 전략 마련이 필요하다.