본 연구는 항만 물류배후단지에 입주하여 운영하는 입주업체들의 효율성을 분석하는 것을 연구의 목적으로 하였다. 인천항과 부산신항 항만 물류배후단지 13개 입주기업을 효율성 분석대상으로 하였으며, 투입변수는 투자액, 면적, 종업원 수를 사용하였고, 산출변수 는 물동량과 매출액을 선정하였다. 효율성 분석방법으로는 전통적인 CCR 모형과 BCC 모형을 적용하고 이들의 한계점을 극복하기 위해 초효율성 모형과 Super-SBM 모형을 적용하였다. 초효율성 모형의 분석결과, 평균값은 0.777, 표준편차는 0.541로 나타나 각 기업 간 효율 성 점수 차이는 33% 정도 존재하는 것으로 분석되었다. Super-SBM 모형의 분석결과, 평균값은 0.649, 표준편차는 0.489로 초효율성 모형 에서 여분을 고려할 경우 기업 간 효율성 점수 평균이 약 13% 정도 감소한 것으로 나타났다. 이러한 감소의 의미는 비방사형 여분이 존재 하는 DMU의 효율성 점수하락이 평균 13% 정도 됨을 의미한다. 투입요소의 비효율성 분석결과 면적 -33%, 투자액 -33%에 비해 종업원 수의 비효율성이 -45%로 가장 큰 것으로 분석되었다.