미세방울 디지털 PCR(Droplet digital PCR, ddPCR) 법은 정량 PCR 법과 같이 형광물질을 사용하여 정량분석이 가능하다는 점은 유사하지만, PCR 반응액을 만든 후 이 반응액을 바로 PCR에 사용하지 않고 수 만 개의 동일한 크기의 미세방울(droplet)로 구획(partitioning)한 후에 PCR 반응을 수행하는 점이 기존의 PCR 법과 가장 큰 차이라고 볼 수 있다. 이렇게 구획된 나노리터 크기의 미세방울 중에서 형광신호가 검출되는 미세방울과 검출되지 않은 미세방울의 수를 계수하여 프아송 분포(Poisson distribution) 계산에 적용하면 표준검량선 없이 목적 유전자의 절대정량 분석이 가능하다. 곤충이 매개하는 질병 바이러스의 경우 소량의 바이러스 감염 여부를 확인하기 위해서 다수의 곤충 유전자를 확인해야 하는데, 이와 같이 미세방울 형태의 ddPCR을 이용하면 기존 Real-time PCR 법에 비해 극소량의 목적 유전자를 높은 민감도로 검출할 수 있으며, PCR 저해요소(inhibitor)에도 큰 영향을 받지 않는다는 장점이 있다. 또한 미세방울 방식의 디지털 PCR을 이용하면 다중 PCR 분석이 가능하여 1개의 시료에서 다양한 질병매개 바이러스를 검출할 수 있다.